Ney, doğal ve hassas bir malzeme olan kamıştan yapıldığı için bakımı ve korunması uzun ömürlülüğü ve verimliliği açısından çok önemlidir. Çalgı darbelerden, ani sıcaklık değişimlerinden, çok soğuk ve çok sıcak ortamlardan korunmalıdır. Ney üflenmeden önce ağız temizliğine dikkat edilmeli ve ağız içinde yemek artığı olmamalıdır. Neyin bir diğer düşmanı ise nemdir. Çok nemli ortamlardan korunması yanında ney üflendikten sonra mutlaka oda sıcaklığında açık ortamda bir süre tutulmalı ve nefesin kamış içinde yoğunlaşmasından ortaya çıkan suyu atması sağlanmalıdır. Buna dikkat edilmediğinde ve yemek yedikten hemen sonra üflendiğinde neyin içinde ortaya çıkan küf ve bakteri plağı gibi oluşumlar neyin sesinin kapanmasına yol açabilir. Ses kutusu içinde oluşan bu katmanlar pamuklu bir kulak temizleme çubuğuyla nazikçe temizlenebilir. Ancak bu yapılırken ses kutusunun hemen dibindeki deliğe müdahale edilmemelidir. Bu delik etrafında oluşan katmanların üfleme yoluyla kendiliğinden ortadan kalkması beklenmelidir.

Neyin bakımında önemli bir başka nokta da neyin yağlanmasıdır. Bu işlem için kullanılabilecek en iyi yağ çok ince ve tortu bırakmayan bir yağ olan susam yağıdır. Ancak çok pahalı bir yağ olması nedeniyle susam yağı temin edilemediğinde katkısız yemeklik fındık yağı veya tatlı badem yağı kullanılabilir. Yağlama işleminden önce neyin iç kısmında hiç nem olmamalıdır. Bu sebeple yağlanacağı gün neyin üflenmesi tavsiye edilmez. Yağlama metodu olarak en sık kullanılan yöntem neyin boyundan daha uzun ve çapından daha geniş ve alt kısmı kör tapayla kapatılarak yalıtılmış bir PVC borunun içine yağ konularak neyin başparesi çıkarılmış halde bu tankın içine ses kutusu alta gelecek şekilde batırılması yöntemidir. Burada yaklaşık 10 dakika tutulan ney, çıkartılarak fazla yağın bir süre akması beklenmeli, daha sonra gazete kağıdı gibi bir örtünün üstüne yatırılarak dış kısmındaki fazla yağ silinmelidir. En son olarak ney en alt kısmından başaşağı duracak şekilde bir sicim yardımıyla sabit bir noktaya asılmalı ve altına süzülen yağı toplayacak bir kap konulmalıdır. Bu şekilde yaklaşık 7-8 saat tutulan neyin iç kısmındaki yağın emebileceği kadar kısmını emmesi ve kalan tüm fazla yağı atması sağlanır.

Yağlama periyodları yeni bir neyde ilk 3 ay için haftada bir, ikinci üç ay için 15 günde bir, sonrası içinse ayda bir uygulanmalıdır. Yaşı bir yılı aşan neylerde genellikle 3 ayda bir yağlama yeterli olmaktadır. Çünkü bir yıldan sonra neyin iç kısmı büyük ölçüde kararmış olacak ve bu yanık tabaka aynı zamanda koruyucu bir katman oluşturacaktır ve iç kısmı kaplayan zar ortadan kalkacağı için ney yağı daha fazla oranda emebilecektir.